1、办公室  

负责局机关日常运转工作。牵头组织档案管理工作。联系对接分局和公司管理工作。

2、建设管理处  

负责编制和组织实施工程项目年度工程实施方案。牵头研究和协调解决工程建设中的重大问题。牵头负责对参建单位的监督管理，执行工程建设程序，指导直属分局开展工程现场管理。牵头组织各阶段验收工作，配合做好专项验收工作。牵头组织工程建设管理信息化建设工作。

3、财务处   

负责行政事业经费和工程建设资金管理使用和会计核算工作。牵头组织编制年度项目资金预算和项目竣工财务决算，监测统计工程建设资金使用情况。负责局机关和直属单位资产、财务管理工作。对公司财务进行监督。

4、合同和法规处   

负责组织工程项目合同的谈判、审查和合同管理有关工作。负责工程项目结算管理工作。负责牵头组织政策法规工作。牵头组织工程项目招标文件商务部分及招标控制价、工程量清单的编制和审核。

 5、机电物资处  

编制并组织实施工程统供材料供应计划。负责组织工程施工期间招标采购的机电设备、物资的管理工作。

6、质量安全监督处   

负责工程质量、安全生产综合监督管理，指导分局开展工程质量、安全生产管理工作，监督参建单位的工程质量和安全生产管理工作。

7、工程技术处  

负责组织工程设计管理工作，承办一般设计变更的审查审批和重大设计变更审核报批工作。负责工程科研项目管理，承担滇中引水工程专家委员会秘书处工作，负责统一协调推进、督促滇中引水工程二期工程前期工作。

8、环境与征地移民处

负责组织协调工程施工影响区域的环境保护、水土保持工作。承担工程用地报批工作，组织协调工程征地拆迁安置工作，协调、督促地方政府落实征地拆迁安置主体责任。

9、审计稽察处   

负责对工程全过程跟踪审计工作的管理，组织对机关和直属单位进行内部审计，组织对工程决算进行内部审计。负责组织开展对工程建设管理、财务管理、资金安全等的监督检查。

10、机关党委(人事处)  

负责局机关及直属事业单位党的建设工作，领导机关纪委和工青妇等群团组织工作，指导公司基层党的建设工作。承担局机关及直属事业单位的机构编制、干部、人事和退休人员管理等工作。负责公司企业领导人员的管理工作，指导公司人才队伍建设工作。